Sau các cuộc phát kiến địa lí, các nước tư bản phương Tây đẩy mạnh việc tìm kiếm thị trường và thuộc địa. Trong bối cảnh đó, các quốc gia phong kiến Đông Nam Á hải đảo suy yếu, trở thành mục tiêu xâm lược của chủ nghĩa thực dân.

Ở In-đô-nê-xi-a, từ thế kỉ XV–XVI, thực dân Bồ Đào Nha và Hà Lan tranh giành ảnh hưởng, đến thế kỉ XIX, Hà Lan hoàn thành việc xâm chiếm và thiết lập ách thống trị trên toàn bộ đất nước này.

Tại Phi-líp-pin, từ thế kỉ XVI, nước này bị Tây Ban Nha thống trị; sau thất bại trong chiến tranh với Mĩ năm 1898, Tây Ban Nha nhượng lại Phi-líp-pin cho Mĩ, đến năm 1899 Phi-líp-pin trở thành thuộc địa của Mĩ.

Ở Mã Lai, thực dân Anh từng bước xâm lược các tiểu quốc, đến năm 1895 thành lập Liên bang Mã Lai thuộc Anh.

Như vậy, đến cuối thế kỉ XIX, hầu hết các quốc gia Đông Nam Á hải đảo đều trở thành thuộc địa của thực dân phương Tây.