Bảo vệ môi trường nuôi thủy sản bao gồm việc xử lý nước thải, kiểm soát chất lượng môi trường ao nuôi, và áp dụng mô hình bền vững nhằm hạn chế dịch bệnh và ô nhiễm. Các biện pháp chính bao gồm: sử dụng ao lắng, sử dụng chế phẩm sinh học , quản lý chặt chẽ thức ăn để tránh dư thừa, và tuân thủ quy trình an toàn sinh học.

xử lý chất thai chăn nuôi(phân,nước tiểu,thức ăn thừa)giúp giảm ô nhiễm không khí,nguồn nước và đất,ngăn ngừa dịch bệnh,đồng thời tái tạo nguồn phân bón hữu cơ và năng lượng(biogas). Quy trình hiệu quả bao gồm: Thu gom -> Biogas (yếm khí) -> Xử lý sau Biogas (lọc/lắng) -> Ủ phân Compost (rắn) -> Sân phơi/Tưới cây.

các biện pháp bao gốm:hạn chế đánh bắt gần bờ,đẩy mạnh khai thác xa bờ,nghiêm cấm sử dụng xung điện,chất độc,thuốc nổ và ngư cụ cấm. Đồng thời, cần xây dựng khu bảo tồn biển, bảo vệ môi trường sống (rừng ngập mặn, rạn san hô), nuôi trồng thủy sản bền vững và thả giống tái tạo nguồn lợi.