Chế độ thực dân đã để lại những ảnh hưởng sâu sắc, toàn diện đối với các quốc gia Đông Nam Á. Về chính trị, các nước Đông Nam Á mất độc lập, chủ quyền; bộ máy cai trị thực dân được thiết lập, nhân dân bị áp bức, quyền tự do dân tộc bị tước đoạt. Điều này làm bùng nổ nhiều phong trào đấu tranh giải phóng dân tộc. Về kinh tế, thực dân tiến hành khai thác thuộc địa nhằm phục vụ lợi ích chính quốc. Nền kinh tế bản địa bị lệ thuộc, phát triển mất cân đối; tài nguyên bị bóc lột, nhân dân rơi vào cảnh nghèo đói. Tuy nhiên, một số yếu tố kinh tế tư bản chủ nghĩa cũng được du nhập. Về xã hội, xã hội phân hóa sâu sắc; xuất hiện các giai cấp, tầng lớp mới như công nhân, tư sản, tiểu tư sản – tạo điều kiện cho sự hình thành tư tưởng và lực lượng cách mạng. Về văn hóa, thực dân vừa truyền bá văn hóa phương Tây, vừa thực hiện chính sách nô dịch, làm mai một nhiều giá trị truyền thống. Liên hệ Việt Nam: Việt Nam bị thực dân Pháp xâm lược, trở thành nước thuộc địa nửa phong kiến. Nhân dân Việt Nam chịu cảnh áp bức, bóc lột nặng nề nhưng cũng từ đó hình thành các giai cấp mới và phong trào yêu nước mạnh mẽ, tiêu biểu là sự ra đời của Đảng Cộng sản Việt Nam, dẫn tới thắng lợi của Cách mạng Tháng Tám 1945, giành lại độc lập dân tộc.

Từ thế kỉ XVI, cùng với các cuộc phát kiến địa lí, các nước tư bản phương Tây (Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh…) bắt đầu xâm nhập vào khu vực Đông Nam Á hải đảo. Ban đầu, họ đến buôn bán, truyền đạo, lập các đồn điếm thương mại, từng bước can thiệp vào công việc nội bộ của các quốc gia bản địa. Sau đó, lợi dụng sự chia rẽ nội bộ, sự lạc hậu về quân sự của các vương triều phong kiến, các nước phương Tây tiến hành dùng vũ lực xâm lược, áp đặt ách thống trị. Tiêu biểu: Tây Ban Nha chiếm Phi-líp-pin (thế kỉ XVI), Hà Lan thôn tính In-đô-nê-xi-a, Anh chiếm Ma-lai-xi-a, Mi-an-ma (sau này), Mĩ thay Tây Ban Nha thống trị Phi-líp-pin cuối thế kỉ XIX. Đến cuối thế kỉ XIX – đầu XX, hầu hết các quốc gia Đông Nam Á hải đảo đều trở thành thuộc địa của các nước tư bản phương Tây, trừ một số nước giữ được nền độc lập tương đối.