Kích thước

Nhỏ (thường khoảng 0,1 – 5,0 µm)

Lớn (thường khoảng 10 – 100 µm)

Nhân

Chưa có nhân hoàn chỉnh (không có màng nhân bao bọc). Vùng nhân chỉ là một khu vực chứa vật chất di truyền.

Đã có nhân hoàn chỉnh (có màng nhân kép bao bọc, bên trong chứa dịch nhân, chất nhiễm sắc và nhân con).

Vật chất di truyền

Thường là một phân tử DNA vòng, mạch kép, nằm trần ở vùng nhân (plasmid nhỏ cũng có thể tồn tại).

Là các phân tử DNA mạch thẳng, xoắn kép, liên kết với protein (histone) tạo thành các nhiễm sắc thể, nằm trong nhân.

Hệ thống nội màng

Không có hệ thống nội màng (lưới nội chất, bộ Golgi, lizoxom...).

Có hệ thống nội màng phát triển và phức tạp (lưới nội chất hạt và trơn, bộ máy Golgi, lizoxom...).

Bào quan

Chỉ có bào quan duy nhất là Riboxom (kích thước nhỏ).

Có nhiều loại bào quan có màng bao bọc (ty thể, lục lạp, lưới nội chất, bộ Golgi...) và Riboxom (kích thước lớn hơn).

Đại diện

Vi khuẩn, Vi khuẩn cổ (Archaea).

Động vật, Thực vật, Nấm, Tảo, Sinh vật nguyên sinh.