Chế độ thực dân đã để lại nhiều ảnh hưởng sâu sắc đối với các quốc gia Đông Nam Á. Về kinh tế, thực dân phá vỡ nền kinh tế tự cung tự cấp, biến các nước thành nơi khai thác nguyên liệu và thị trường tiêu thụ, khiến nền kinh tế phát triển lệch lạc và lệ thuộc. Về chính trị, các quốc gia mất chủ quyền, bị áp đặt bộ máy cai trị hà khắc; đồng thời mâu thuẫn dân tộc – xã hội gia tăng, làm bùng nổ các phong trào đấu tranh giải phóng dân tộc. Về xã hội – văn hoá, đời sống người dân bị bóc lột nặng nề, xã hội phân hoá; tuy nhiên cũng có sự du nhập văn hoá, giáo dục phương Tây. Liên hệ Việt Nam: Việt Nam cũng bị biến thành thuộc địa khai thác, kinh tế lạc hậu; nhân dân chịu áp bức nặng nề nhưng từ đó các phong trào yêu nước phát triển mạnh mẽ, dẫn đến sự ra đời của cách mạng giải phóng dân tộc. Một số yếu tố văn hóa – giáo dục phương Tây như chữ quốc ngữ cũng bắt đầu hình thành trong giai đoạn này.

Trong các thế kỉ XVI – XX, các quốc gia Đông Nam Á hải đảo lần lượt bị các nước thực dân phương Tây xâm lược và đặt ách đô hộ. 1. Indonesia: Thế kỉ XVI, Bồ Đào Nha đến xâm nhập nhưng không duy trì được lâu. Từ cuối thế kỉ XVI, Hà Lan tiến vào, thành lập Công ty Đông Ấn Hà Lan và từng bước chiếm các đảo Java, Sumatra, Borneo… Sang thế kỉ XIX – đầu XX, Hà Lan hoàn thành việc thôn tính toàn bộ quần đảo, lập thuộc địa Đông Ấn Hà Lan. 2. Philippines: Năm 1521, Tây Ban Nha đặt chân đến; năm 1565 chính thức bắt đầu quá trình xâm lược. Trong hơn 300 năm, Tây Ban Nha áp đặt chế độ thuộc địa. Năm 1898, sau chiến tranh Mỹ – Tây Ban Nha, Philippines bị chuyển giao cho Hoa Kỳ. Mỹ tiếp tục đàn áp phong trào kháng chiến và thiết lập nền thống trị mới. 3. Malaysia, Singapore và Brunei: Từ cuối thế kỉ XVIII, Anh chiếm Penang (1786), Singapore (1819) và mở rộng ảnh hưởng xuống bán đảo Mã Lai. Năm 1824, Anh – Hà Lan ký hiệp ước phân chia phạm vi, Anh kiểm soát toàn bộ vùng Mã Lai – Singapore – Brunei. Trong thế kỉ XIX, Anh hoàn tất việc thiết lập chế độ bảo hộ và thuộc địa tại khu vực này. 4. Đông Timor: Từ thế kỉ XVI, Bồ Đào Nha chiếm đóng vùng phía đông đảo Timor và duy trì sự cai trị trong nhiều thế kỉ. Sau năm 1975, Bồ Đào Nha rút đi; khu vực này trải qua các biến động chính trị và sau cùng trở thành quốc gia độc lập vào năm 2002.

Kết luận: Các quốc gia Đông Nam Á hải đảo lần lượt bị các cường quốc phương Tây như Bồ Đào Nha, Hà Lan, Tây Ban Nha, Hoa Kỳ, Anh xâm lược. Chúng sử dụng chiến tranh, hiệp ước và các biện pháp thương mại để thiết lập ách thống trị, biến khu vực thành thuộc địa trong thời gian dài.