Chế độ thực dân (thế kỷ XIX-XX) đã biến Đông Nam Á thành thuộc địa, tác động sâu sắc đến chính trị (chia để trị, tạo xung đột), kinh tế (bóc lột, què quặt), và xã hội (phân hóa giai cấp). Tích cực là hạ tầng giao thông/đô thị được xây dựng, kết nối thị trường thế giới. Tiêu cực bao trùm là kinh tế lạc hậu phụ thuộc chính quốc, văn hóa bị nô dịch. Tại Việt Nam, Pháp áp dụng chính sách chia ba kỳ, thuế khóa nặng nề, biến Việt Nam thành nơi cung cấp tài nguyên, nhân công rẻ mạt.

Quá trình xâm lược Đông Nam Á hải đảo của thực dân phương Tây diễn ra từ thế kỷ XVI đến đầu thế kỷ XX, chủ yếu thông qua thương mại và truyền đạo, sau đó chuyển sang quân sự hóa. Các nước như Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh và Mỹ đã lần lượt thôn tính khu vực này, biến In-đô-nê-xi-a, Ma-lai-xi-a, Phi-líp-pin thành thuộc địa do giàu tài nguyên và vị trí chiến lược. 

Giữa thế kỉ XIX, Xiêm (Thái Lan) đã tự cường, thực hiện chính sách ngoại giao mềm dẻo và cải cách toàn diện (vua Rama IV-V) để bảo vệ độc lập. Họ lợi dụng vị trí nước "đệm" giữa Anh và Pháp, chấp nhận cắt nhượng một số vùng đất phụ thuộc và mở cửa thương mại để giữ vững chủ quyền, trở thành nước duy nhất ở Đông Nam Á không bị biến thành thuộc địa.

Sau khi giành độc lập, Brunei, Myanmar và Đông Timor đã trải qua quá trình tái thiết khó khăn với đặc điểm riêng: Brunei phát triển nhanh nhờ dầu mỏ, Myanmar đối mặt bất ổn kéo dài và cải cách muộn, còn Đông Timor tập trung phục hồi sau chiến tranh, xây dựng đất nước từ đầu sau năm 2002.