Chế độ thực dân đã để lại những hậu quả sâu sắc và toàn diện trên nhiều mặt: Chính trị: Phá vỡ cấu trúc chính quyền truyền thống, thiết lập bộ máy cai trị trực tiếp hoặc gián tiếp của thực dân, tước đoạt độc lập chủ quyền. Kinh tế: Biến các quốc gia thành nơi cung cấp nguyên liệu thô và tiêu thụ hàng hóa cho chính quốc; phát triển nền kinh tế què quặt, phục vụ lợi ích thực dân; áp đặt các loại thuế nặng nề. Xã hội: Phân hóa giai cấp sâu sắc, xuất hiện các giai cấp mới (tư sản, tiểu tư sản, công nhân) bên cạnh các giai cấp cũ; đời sống nhân dân cực khổ, bị bóc lột. Văn hóa - Giáo dục: Thực hiện chính sách "ngu dân", hạn chế giáo dục; du nhập văn hóa phương Tây làm phai nhạt bản sắc văn hóa dân tộc, đồng thời cũng tạo ra sự tiếp xúc với văn minh mới.

Quá trình xâm lược của thực dân phương Tây đối với các quốc gia Đông Nam Á hải đảo diễn ra sớm hơn so với khu vực lục địa, bắt đầu từ thế kỷ XVI với các giai đoạn chính như sau: Bối cảnh: Từ thế kỷ XVI, các nước phương Tây (Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh...) bắt đầu xâm nhập Đông Nam Á thông qua các hoạt động buôn bán và truyền giáo. Đây là lúc các quốc gia phong kiến trong khu vực đang dần suy yếu. Tại Indonesia: Thế kỷ XVI - XVII: Bồ Đào Nha và Hà Lan tranh giành ảnh hưởng. Sau đó, Hà Lan dần gạt bỏ đối thủ để độc chiếm thị trường. Thế kỷ XIX: Hà Lan hoàn thành việc xâm chiếm và thiết lập ách thống trị thực dân trên toàn bộ quần đảo Indonesia. Tại Philippines: Giữa thế kỷ XVI: Thực dân Tây Ban Nha chính thức xâm lược và đặt ách cai trị kéo dài hơn 3 thế kỷ. Năm 1898: Sau cuộc chiến tranh Mỹ - Tây Ban Nha, Philippines chuyển sang trở thành thuộc địa của Mỹ. Tại Malaysia: Từ thế kỷ XVI, thực dân Bồ Đào Nha chiếm Malacca, sau đó đến lượt Hà Lan và cuối cùng là Anh thiết lập quyền bảo hộ và thống trị vào thế kỷ XIX.